[Simplyman]

накуя C9 стоит паралельно термопаре/нагревателю

Банальная фильтрация помех, наловленных длинным кабелем от паяльника к станции на входе ОУ. ОУ там, правда, должен быть не 358, а инструментальный, т.к. от его качества зависит точность измерения температуры на жале, а значит и качество работы устройства вцелом.

а не на инвертирующем входе ОУ например

А там он как раз и не нужен, т.к. это цепь ОС.

а C6 на выходе ОУ это ж вообще, наверное он должен был на инвертирующий вход ити а не на землю.

Здесь тоже все на своем месте. Фильтрация помех на входе АЦП микроконтроллера.