FFT и прочее - как правильно?

[begemot]

но она не совсем стабильна по частоте

Для искажений-в ФФТ софте для АЦП который даёт ТИ можно указать сколько бинов считать за 1 при анализе искажений.

flat top окна использовать

Это не всегда работает лучшим образом. Флат-топ окна имеют не лучшую избирательность. А она иногда нужна.
Окон надо штук 5-6 разных.
Кстати, при измерении шума надо делать разные поправки в зависимости от окна.
https://www.ap.com/technical-library/fft...for-noise/
Кроме того, полезная фича - синхронное препроцессинг накопление. Хотя она нужна в первую очередь если нет возможности увеличить длинну.
Хотя и в других случаях может быть полезно. Но надо следить за качеством синхронизации. АП-шник, например, не даёт воспользоваться
этой опцией если считает что качество синхронизации недостаточно.
Можешь поставить себе их софт для 2722, он работает в демо моде без железа, и посмотреть какие там опции в ФФТ анализаторе.
Там много чего сделано разумного и адекватного.
Но вообще, чтоб адекватно померить, надо понимать что ты делаешь, зачем и как. Т.е. нажал кнопочку и показало как надо-не получится.
Т.е. абизяне это не поможет, как бы ты хорошо не сделал.