[begemot]

это просто использование частоты генератора, выставленной в согласии с Fs и длинны FFT так

Насколько я понимаю, количество тактов должно быть степенью двойки. Иначе нельзя будет считать ФФТ, а просто ФТ считается значительно дольше.
И при этом надо чтоб период генератора был кратен длине ФФТ. Т.е, получалось целое количество периодов на интервале выборки. Плюс сама длина ФФТ выбирается
исходя из ширины получающегося бина, или, другими словами, необходимого уровня шума.
И в результате, всего что Вы добьётесь-использование прямоугольного окна вместо других. Ну да, в этом случае не будет "заплывания". А что, оно так сильно мешает?
Тем более что можно всегда попробовать несколько окон и посмотреть что меняется.
При адекватном учитывании вкладов нескольких соседних бинов использование окна не является проблемой, особенно при измерении гармоник.
Поскольку разнос по частоте очень большой.
И оно вам всё надо?
Лучше сделайте адекватно работающее синхронное накопление (до ФФТ). Чтоб было можно использовать более короткое преобразование, но при этом убирать шумы измеряемого устройства.
Это может работать лучше чем очень длинное ФФТ при не очень стабильном генераторе.